Non si tratta solo di una delle opere più complesse dal punto di vista logistico e organizzativo pensate per il territorio, visto il coinvolgimento di numerosi enti territoriali tra cui le tre regioni affacciate sul Garda, ma rappresenta anche un fertile terreno di scontro tra chi la ritiene un danno al territorio e chi invece vi ripone ambizioni future dal punto di vista turistico.

La realizzazione della Ciclovia del Garda è infatti accompagnata sempre più insistentemente dalle proteste di cittadini e associazioni per l'impatto che potrebbe avere in prospettiva paesaggistica e socio-economica, testimoniata anche dalle oltre 1.100 firme (ad ora 1.147, obiettivo 1.500) raccolte per la petizione lanciata sulla piattaforma Change.org, dal titolo "Contro una Ciclovia del Garda non sostenibile posta a lago davanti a ville private e hotel storici e progettata all’interno del centro storico dei paesi".

Sotto la lente in particolare il tratto compreso tra Desenzano e Toscolano Maderno, le cui eventuali ripercussioni sono ritenute contrarie al fatto che "un buon progetto - come riportato all'interno della petizione - deve tener conto delle esigenze della cittadinanza, dell’economicità turistica e del rispetto del paesaggio. Come sostiene l’articolo del prof. Paolo Pileri del Politecnico di Milano, esperto in mobilità lenta, “Una ciclovia nasce nell’ambito della mobilità sostenibile ed ecologica. L’impatto ambientale della ciclovia del Garda è enorme sotto tutti i punti di vista. E qui sta un punto cruciale del discorso: in nome della ciclabilità è legittimo manomettere così pesantemente il paesaggio?”».

Oltre all'impatto paesaggistico, viene poi contestato in particolare il tratto sul territorio di Gardone Riviera, con la Ciclovia che passerebbe "davanti allo straordinario sistema di hotel e ville con giardini... si danneggerà fortemente l’economia turistica di un paese che ha sul versante a lago hotel storici e di lusso i cui clienti sicuramente non frequenteranno più per la mancata privacy e riservatezza di un ambiente unico al mondo".

Secondo chi propone e chi firma questa petizione, "si tratta di una progettazione frettolosa, senza coinvolgimento della collettività e delle esigenze economiche, storiche e sociali dei cittadini...Fermiamo il progetto frettoloso ed improvvisato di Regione Lombardia pensando ad una ciclabile utilizzando buonsenso e rispetto per ambiente e persone, coinvolgendo tutte le associazioni, Enti e privati cittadini del territorio. Le alternative esistono, sia via lago che recuperando sentieri e strade minori collinari e montane. Basta volere e cercare".